学校设有3个博士后科研流动站（交通运输工程、电气工程、管理科学与工程），4个一级学科博士点（交通运输工程、管理科学工程、船舶与海洋工程、电气工程），17个二级学科博士点，17个一级学科硕士学位授权点，64个二级学科硕士学位授权点，13个专业学位授权类别，52个本科专业。拥有18个省部级重点研究基地。现有1个国家重点（培育）学科，1个上海市高峰学科，2个上海市高原学科，9个部市级重点学科，工程学、计算机科学和社会科学总论3个学科进入ESI全球前1%,港航物流学科保持全球领先。5个国家级特色专业，1个国家级综合改革试点专业，15个国家级一流本科专业建设点，6个教育部卓越工程师教育培养计划专业，17个上海市本科教育高地。现有2个国家级实验教学示范中心，2个国家级虚拟仿真实验教学示范中心，5个国家级实践教学示范中心，1个全国示范性工程专业学位研究生联合培养基地。设有水上训练中心，拥有4.8万吨散货教学实习船“育明”轮。
在2004年教育部本科教学工作水平评估和2006年教育部英语专业教学评估中获得优秀。近年来，科技服务能力不断提升，获一批国家级科研项目及部市级以上科技进步奖。
实行校院二级管理体制，现设有商船学院、交通运输学院、经济管理学院（上海高级国际航运学院、亚洲邮轮学院）、物流工程学院（中荷机电工程学院）、法学院、信息工程学院、外国语学院、海洋科学与工程学院、理学院、徐悲鸿艺术学院、马克思主义学院、物流科学与工程研究院、体育教学部、国际教育学院、继续教育学院、上海港湾学校等二级办学部门。在27000余名学生中，有全日制本科生近16000人，各类在校研究生近8000人，留学生900余人。在近1300名专任教师中，有教授近190名。学校致力于培养国家航运业所需要的各级各类专门人才，已向全国港航企事业单位及政府部门输送了逾19万毕业生，被誉为“高级航运人才的摇篮”。
