“十三五”期间，学校坚持应用研究型大学的办学定位，主动服务国家重大战略和行业需求，聚焦“航运、物流、海洋”等特色优势领域，以高峰高原学科和地方高水平大学建设为抓手，持续推进科研管理体制机制改革，有效汇聚科研资源和要素，激发全校教师的科技创新活力，科研工作高质量发展。
统筹资源，强化管理，平台建设成效显著
整合优势资源，新增多个省部级科研平台。通过将传统优势学科与新兴的学科方向进行资源整合，促进了人才流动、成果更替、学术交流和知识更新，产生了高层次研究成果，形成了新的学科增长点。学校申报的“自贸试验区供应链研究上海市社会科学创新研究基地”“上海智能海事搜救与水下机器人工程技术研究中心”“上海深远海洋装备材料工程技术研究中心”和“上海船舶尾气智能监测工程技术研究中心”先后获上海市审批立项，省部级重点研究基地增至16个。
强化运行管理，科研平台建设成效显著。严格按照教育部、交通部、上海市科委等上级部门有关管理办法及学校的相关规定，开展重点研究基地的建设与管理工作，基地建设成效显著。上海航运物流信息工程技术研究中心顺利通过市科委评估，获评良好等次；航运技术与控制工程交通运输行业重点实验室顺利通过交通运输部六年周期运行评估，进一步巩固了学校在航运技术与控制工程领域的领先地位；集装箱供应链技术教育部工程研究中心接受了教育部开展的评估和现场考察, 评估结果为“良好”；上海市政府决策咨询研究基地汪传旭工作室在上海市人民政府发展研究中心组织开展的三年建设（2018-2020年）期末评估工作中，获评优秀等级；上海国际航运研究中心接受市教委专家组现场考察，专家组对中心的建设成效予以充分肯定。
聚焦特色领域，加强新型智库建设。围绕国家地方行业发展战略，聚焦航运、港口、物流等研究领域，组织人文社科省部级重点研究基地积极为政府建言献策，为航运业及港航企业提供智力服务。经过多年积累，中国（上海）自贸区供应链研究院已成为我国高校自贸区供应链智库建设的标杆，上海国际航运研究中心依托上海航运中心建设，为政府和国内外企业与航运机构等提供决策咨询和信息服务，多份专报和内参被有关部门采纳。中国（上海）自贸区供应链研究院和上海国际航运研究中心均入选由南京大学和光明日报社联合发布的“中国智库索引高校智库百强榜”。
瞄准前沿，立足特色，科学研究水平进一步提升
瞄准前沿领域，争取高层次项目。通过调整国家自科/社科基金申报资助方式、建立校院两层的基金申报辅导机制等举措，鼓励和支持教师开展国际前沿领域的学术研究工作，国家重大重点项目连续取得重大突破。2018年，首次以牵头单位获得国家重点研发计划项目，首次以牵头单位获得2项国家社科基金重大项目；2020年，首次获得2项国家自然科学基金重点项目；再次获得1项国家社科基金重大项目，1项国家社科基金重点项目，国家基金的重大重点项目立项数量为历史最高水平。
立足特色优势，服务社会发展。立足特色优势，引导教职工进行行业重大科研技术攻关，大力开展有组织的科研活动，与政府、大型企业、高等院校等建立了广泛深入的产学研合作，为企业解决了一大批关键技术难题，取得了明显的经济效益和社会效益，提升了学校的行业影响力和社会影响力。共计获得各类企事业单位委托项目2000余项，合同总经费近5亿元，其中，合同经费100万元以上的项目近百项。2017年，基于在航运安全领域的人才技术储备和项目经验积累，联合中国航海学会共同发起建立“全球航行状况研究中心”，并连续三年以第三方专业学术团队的视角向全世界发布《南海航行状况研究报告》，为国家的南海战略实施提供了技术支撑，以实际行动践行科研工作服务社会、服务国家的初心。
注重规范管理，防控科研风险。在鼓励科学研究的同时，进一步加强项目执行过程的规范管理，先后制定、修订了科研计划（纵向）项目经费管理办法、横向科研项目管理实施细则、外协科研合同管理办法等多个管理文件，并严格落实在日常管理工作中，确保科研经费的安全规范使用，为科研项目的顺利实施提供保障，并多次荣获“上海市技术合同管理先进单位”称号。
多措并举，激发活力，标志性成果不断涌现
激发创新活力，论文质量稳步提升。积极响应国家“破五维”的政策要求，先后修订科技工作量计算办法等多个管理文件，为科研工作创造良好的环境，引导教师发表高水平论文，学校总体论文质量稳步提升。学校作为第一署名单位发表科技论文共6207篇，其中，高水平论文共1541篇，ESI高被引论文、热点论文62篇。2017年，学校工程学科首次进入ESI全球前1%；2018年，学科排行上升50位；2019年，学科排行再次上升13位。
强化转化应用，促进专利量质齐升。高度重视成果转化工作，大力推进科技成果转化的开放力度，不断激励师生申请授权高价值专利。其间，共申请发明专利1279件，授权发明专利489件，发明专利申请、授权数量一直保持稳步提高，呈现出量质齐升的良好趋势。同时，为进一步提升科技创新能力，学校已连续五年推出国际专利申请培育基金，现已获得6项国际授权专利。
多措并举，成果奖项取得重要突破。狠抓省部级奖申报工作，通过设立省部级奖项培育基金等多项措施，鼓励教师牵头申报省部级奖，鼓励课题组主动联合外单位共同申报。获得各类奖项共计193项，其中，省部级奖53项，多次实现历史性突破。由顾伟教授课题组完成的成果“电力推进船舶动力控制、电站控制与航向控制技术及应用”获2016年度上海市科学技术奖一等奖，这是学校首次以第一完成单位、我校教师为第一完成人获得省部级科技进步一等奖；由吴卫民教授主持的成果“可再生能源并网发电紧凑型功率变流器拓扑衍生机理与稳定控制研究”获2018年度上海市自然科学二等奖，这是学校首次以第一完成单位获得省部级自然科学奖。
面向“十四五”，学校将瞄准交通强国、海洋强国、上海国际航运中心建设、自贸区临港新片区建设的关键共性需求，充分发挥管理科学与工程、交通运输工程和船舶与海洋工程等主干学科优势，创新科研管理与运行机制，优化资源配置，构建科研工作新发展格局，为建成世界高水平海事大学提供有力支撑。
