学校深入领会市教委有关综合改革方案与教育事业发展“十三五”规划“一体两翼”的文件精神，学校自2015年2月启动教育事业发展“十三五”规划以来，在11个部门专项规划和13个院级规划的基础上，完成了总体规划的初稿，处于修改完善及后续征求意见阶段。学校积极承接国家教育综合改革试验区方案提出的“到2020年率先全面实现教育现代化”，年底前构建起由总体规划、专项规划和院级规划组成的学校“十三五”规划体系。
通过主动对接《上海高等教育布局结构与发展规划（2015-2030年）》和《上海高等学校学科发展与优化布局规划（2014—2020）》，学校深入了解在上海学校和学科整体布局中的定位和目标。学校以“多科性、应用研究型大学”为定位，以高峰高原学科建设为着力，在5大学科群基础上，提出航运、物流、海洋等3大学科领域的建设思路。
依托“十二五”期间内涵建设、规划制定、制度建设、资源统筹、部门协同等5个方面的建设基础，学校基本实现了由外延式发展向内涵式发展的转变。学校梳理出“十二五”规划实施过程中存在的27项瓶颈问题，涉及人才培养、师资队伍建设、学科专业建设、实验室建设、科研平台建设、国际化教育、信息化建设、基础建设、节能减排、校园文化建设等领域。
通过关注与学校密切相关的高等教育领域的相关规划和航运、物流、海洋等领域的相关文件，到2020年，学校将基本建成具有全球影响力的高水平海事大学。在保持特色基础上提升水平，发挥人才培养、科学研究和社会服务对经济发展和行业进步的支撑作用，提升师资队伍建设、国际化办学的国内外学术、行业和社会影响力，凸显航运、物流和海洋文化在学校事业发展中的引领作用。
针对学校总体发展目标，提出了分领域发展任务和指标，包括基本和重点两类。任务与指标涉及本科教育与专业建设、研究生教育与学位点建设、师资队伍建设、学科建设与科研发展、国际化建设、基础建设、实验室建设等7个方面。为此，学校将依照“按需发展、协同发展、特色发展、优势发展”的原则，坚持航运、物流、海洋的特色发展路径，实现世界高水平海事大学的发展愿景。
